Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kesulitan siswa dalam mengerjakan soal literasi sains pada siswa kelas V MI Negeri 3 Purbalingga. Subjek penelitian berjumlah 15 siswa dengan kemampuan akademik yang beragam. Penelitian ini termasuk jenis penelitian deskriptif kualitatif, sampel dalam penelitian ini adalah 15 siswa kelas V di MI Negeri 3 Purbalingga dan instrumen yang digunakan terdiri dari 35 butir soal literasi sains yang mencakup empat bentuk soal, yaitu pilihan ganda, pilihan ganda kompleks, benar–salah, dan uraian singkat, serta lima konten materi meliputi kesehatan dan penyakit, sumber daya alam, mitigasi bencana, kualitas lingkungan, dan teknologi sains. Metode pengumpulan data dilakukan melalui tes tertulis, wawancara, dan dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kesulitan siswa ketika menyelesaikan soal pilihan ganda karena bentuk soal ini menuntut kemampuan siswa membedakan antara opsi jawaban yang benar dan pengecoh yang terlihat serupa, kesulitan pada bentuk soal pilihan ganda kompleks terletak pada tuntutan untuk mengidentifikasi lebih dari satu jawaban yang benar, kesulitan siswa yang dialami pada soal benar-salah karena pada soal ini siswa memiliki peluang menebak yang tinggi sehingga siswa kurang melakukan penalaran mendalam, dan menjawab sesuai kemauan siswa, dan kesulitan tertinggi ditemukan pada soal uraian singkat karena siswa belum mampu menjelaskan alasan ilmiah secara runtut dan lengkap. Ditinjau dari konten materi, kesulitan muncul pada konten mitigasi bencana dan teknologi sains yang menuntut penalaran dan penguasaan konsep lebih mendalam. Temuan dari wawancara mendukung hasil tersebut, di mana siswa mengaku kesulitan memahami langkah mitigasi bencana dan teknologi sains (prinsip kerja alat). Penelitian ini memberikan gambaran menyeluruh mengenai jenis kesulitan yang dialami siswa serta menjadi dasar bagi guru untuk meningkatkan pendekatan pembelajaran literasi sains di kelas. Kata kunci: literasi sains, kesulitan siswa, MI Negeri 3 Purbalingga.