Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripiskan dan membandingkan efektivitas media pembelajaran berbasis Microsite terhadap hasil belajar PAI dan Budi Pekerti siswa SMA Negeri 3 dan SMK Muhammadiyah 3 Purwokerto. Menggunakan pendekatan kuantitatif dengan desain quasi eksperimental, penelitian ini melibatkan kelas eksperimen (Microsite) dan kelas kontrol (konvensional). Data dikumpulkan melalui pretest dan posttest, dianalisis dengan uji t. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Microsite efektif meningkatkan hasil belajar siswa. Pada kelas eksperimen SMA Negeri 3 Purwokerto, nilai rata rata meningkat signifikan dari pretest 81,93 menjadi posttest 96,77. Hal serupa terjadi pada kelas eksperimen SMK Muhammadiyah 3 Purwokerto, dengan peningkatan dari pretest 78,82 menjadi posttest 94,08. Nilai N Gain kelompok eksperimen berada pada kategori tinggi, sementara kelompok kontrol hanya mencapai kategori rendah. Uji komparatif antar sekolah menunjukkan perbedaan efektivitas signifikan, dengan siswa SMA memperoleh peningkatan lebih tinggi dari siswa SMK. Microsite terbukti efektif, adaptif, dan meningkatkan hasil belajar, menciptakan pembelajaran interaktif dan berpusat pada siswa. Penelitian ini terbatas pada sarana pendukung dan waktu praktik. Microsite relevan untuk memperkuat pemahaman konsep PAI dan Budi Pekerti. Kata Kunci: Efektivitas Pembelajaran Microsite, Hasil Belajar, Media Pembelajaran, PAI dan Budi Pekerti, N Gain.